一、个人简介
秦源，女，博士，博士生导师，第十四届全国人大代表，民革福建省第十四届委员会副主委, 福建农林大学生命科学学院院长，未来技术学院（海峡联合研究院）院长，教育部“长江学者”特聘教授， “国家优秀青年科学基金”获得者，中英人才项目“牛顿高级学者基金”获得者，福建省高层次人才（A类），福建省“百人计划”，福建省高校青年拔尖人才，福建省“闽江学者”特聘教授，广西壮族自治区特聘专家，获福建省自然科学二等奖（排名第1）、福建青年科技奖，福建运盛青年科技奖，福建青年五四奖章，福建省三八红旗手，福建省最美女科技工作者，中国植物生理与分子生物学学会卫志明青年创新奖，福建省“向上向善育人工程基金”奖教金。2001年获得武汉大学药学学士学位，2006年获得武汉大学发育生物学博士学位，2006-2009年在美国亚利桑那大学植物系进行博士后研究，2009-2014年任职于中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所副研究员，2014年至今任福建农林大学教授。先后主持“国家自然科学国际合作项目”、“国家自然科学基金海峡联合基金重点项目”、“国家自然科学优秀青年科学基金项目”、“国家自然科学基金面上项目”等国家省部级项目十多项。在植物生殖发育领域有系统的研究，发表书籍（章节）3本，论文114篇，其中以第一作者或（并列）通讯作者身份在国际期刊PNAS, Developmental Cell, Current Biology, Plant Cell, Molecular Plant, New Phytologist, PLoS Genetics, Plant Physiology, Plant Journal等发表SCI收录论文90余篇。任《Tropical Plants》副主编，《热带生物学报》副主编，《Physiologia Plantarum》，《亚热带植物科学》编委，中国植物学会细胞生物学专业委员会委员，国家自然科学基金二审专家、国家“青年千人”计划会评专家、广西科学技术奖会评专家，福建省遗传学会青年委员会主任，福建省植物学会理事等。培养研究生获得省优秀博士学位论文3篇和省优秀硕士学位论文2篇。入选美国斯坦福大学John P. A. Ioannidis教授团队发布的2024年全球前2%顶尖科学家榜单（World’s Top 2% Scientists）。
1997.9-2001.7 武汉大学生命科学学院 药学 学士
2001.9-2006.7 武汉大学生命科学学院 发育生物学 博士
2006.7-2009.7 美国亚利桑那大学 植物系 博士后
2009.8-2014.5 中科院上海植物生理生态研究所 副研究员
2015.8-2016.2 美国加州大学河滨分校 访问学者
2014.6-至今 福建农林大学 基因组与生物技术研究中心 教授
二、研究方向
1. 植物雌配子体发育的分子机理。
2. 植物抗逆的分子调控。
三、代表性成果
代表性通讯作者论文
1. Hanyang Cai*, Kaichuang Liu, Suzhuo Ma, Han Su, Jiahong Yang, Ling Sun, Ziqi Liu and Yuan Qin*. (2024) Gibberellin and cytokinin signaling antagonistically control female-germline cell specification in Arabidopsis. Developmental Cell. https://doi.org/10.1016/j.devcel.2024.11.009.（SCI 大类一区，10.7）
2. Chang An，Jingyi Liao，Lin Lu， Xinkai Cai, Ruoyu Liu, Shengzhen Chen, Mengqian Shen, Xiaomei Wang，Yuan Qin* and Ping Zheng*.From gene expression to flower patterns: genome-wide characterization of the MADS-box gene family in passion fruit (Passiflora edulis). Tropical Plants 2024, 3: e004.
3. Dan Zhang, Lumiao Du, Jinting Lin, Lulu Wang, Ping Zheng, Biao Deng, Wenbin Zhang, Weiqiang Su, Yanhui Liu, Yuming Lu, Yuan Qin* and Xiaomei Wang*. Genome-wide identification and expression analysis of calmodulin and calmodulinlike genes in passion fruit (Passiflora edulis) and their involvement in flower and fruit development. BMC Plant Biology, (2024) 24:626.
4. Zhimin Hou，Jianxiang Liang, Xinkai Cai，, Jingting Lin，Xiaomei Wang, Ruoyu Liu，Lin Lu，Gaifeng Chai , Chang An，Shengzhen Chen, Yuan Qin* and Ping Zheng*. PeHVA22 gene family in passion fruit (Passiflora edulis):initial characterization and expression profiling diversity. Frontiers in Plant Science,2024.01.19.
5. Chang An，Jingyi Liao，Lin Lu1， Xinkai Cai, Ruoyu Liu, Shengzhen Chen, Mengqian Shen, Xiaomei Wang，Yuan Qin* and Ping Zheng*.From gene expression to flower patterns: genome-wide characterization of the MADS-box gene family in passion fruit (Passiflora edulis)[J]. Tropical Plants 2024, 3: e004.
6. Cai H, Huang Y, Liu L, Zhang M, Chai M, Xi X, Aslam M, Wang L, Ma S, Su H, Liu K, Tian Y, Zhu W, Qi J, Dresselhaus T, Qin Y*. (2023) Signaling by the EPFL-ERECTA family coordinates female germline specification through the BZR1 family in Arabidopsis. Plant Cell, 35(5):1455-1473. doi:10.1093/plcell/koad032 (SCI 小类一区，11.6)
7. Youmei Huang, Liping Liu , Mengnan Chai, Han Su, Suzhuo Ma, Kaichuang Liu, Yaru Tian,Zhuangyuan Cao, Xinpeng Xi, Wenhui Zhu, Jingang Qi, Ravishankar Palanivelu , Yuan Qin* and Hanyang Cai*. (2023) Epigenetic regulation of female germline development through ERECTA signaling pathway. New Phytologist, 240(3), 1015-1033.（SCI 小类一区，9.4）
8. Cai Hanyang,Liu Liping, Ma Suzhuo, Aslam Mohammad and Qin, Yuan*. (2023) Insights into the role of phytohormones in plant female germline cell specification. Current Opinion in Plant Biology, 2023, 75, pp. 102439.（SCI 小类一区，9.5 ）
9. Cheng Yan, Sun Jin, Jiang Mengwei,Luo Ziqiang, Wang Yu, Liu Yanhui, Li Weiming, Hu Bing, Dong Chunxing, Ye Kangzhuo, Li Zixian,Deng Fang,Wang Lulu,Cao Ling,Cao Shijiang,Pan Chenglang,Zheng Ping,Wang Sheng,Aslam Mohammad,Wang Hong,Qin, Yuan *. (2023) Chromosome-scale genome sequence of Suaeda glauca sheds light on salt stress tolerance in halophytes. Horticulture Research. 10(9):uhad161. doi: 10.1093/hr/uhad161.（SCI 小类一区，8.7）
10. Fakher B, Ashraf MA, Wang L, Wang X, Zheng P, Aslam M*, Qin Y*. (2023 )Pineapple SWEET10 is a glucose transporter. Horticulture Research. 10(10):uhad175. doi: 10.1093/hr/uhad175.（SCI 小类一区，8.7）
11. Cheng Y#, Wang Y, Sun J, Liao Z, Ye K, Hu B, Dong C, Li Z, Deng F, Wang L, Cao S, Pan C, Zheng P, Cai L, Cao L, Wang S, Aslam M, Wang H, Qin Y*. (2023) Unveiling the genomic blueprint of salt stress: insights from Ipomoea pes-caprae L. Seed Biology
12. Cai H, Liu L, Huang Y, Zhu W, Qi J, Xi X, Aslam M, Dresselhaus T, Qin Y*. (2022) Brassinosteroid signaling regulates female germline specification in Arabidopsis. Current Biology. 32(5):1102-1114.e5. doi: 10.1016/j.cub.2022.01.022. (IF= 10.900, 一区)
13. Cai H, Ma S, Su H, Liu K, Aslam M, Qin Y*. (2022) Positional signals establishment in the regulation of female germline specification. Seed Biology. 1:6.Liu Y, Priyadarshani SVGN, Chi M, Yan M, Mohammadi MA, Zhang M, Zhou Q, Wang L, Luo T, Wai MH, Wang X, Cai H, Wang H*, Qin Y*. (2022) Epigenetic modification mechanisms of chloroplasts mutants in pineapple leaves during somatic regeneration, Horticultural Plant Journal,
14. Fakher B, Jakada BH, Greaves JG, Wang L, Niu X, Cheng Y, Zheng P, Aslam M, Qin Y*, Wang X*. (2022) Identification and expression analysis of pineapple sugar transporters reveal their role in the development and environmental response. Frontiers in Plant Science. Oct 24;13:964897. doi: 10.3389/fpls.2022.964897.
15. Aslam M, Fakher B, Qin Y*. (2022) Big Role of Small RNAs in Female Gametophyte Development. International Journal of Molecular Sciences. 2022 Feb 10;23(4):1979. doi: 10.3390/ijms23041979. (IF= 6.208, 二区)
16. Cai H, Liu L, Zhang M, Chai M, Huang Y, Chen F, Yan M, Su Z, Henderson I, Palanivelu R, Chen X, Qin Y*. (2021) Spatiotemporal control of miR398 biogenesis via chromatin remodeling and kinase signaling ensures proper ovule development. Plant Cell, 33(5):1530-1553. doi: 10.1093/plcell/koab056 (IF=11.3, 一区)
17. Cai H, Huang Y, Chen F, Liu L, Chai M, Zhang M, Yan M, Aslam M, He Q, Qin Y*. (2021) ERECTA signaling regulates plant immune responses via chromatin-mediated promotion of WRKY33 binding to target genes. New Phytologist. 230(2):737-756. DOI: 10.1111/NPH.17200 (IF=10.2, 一区)
18. Cai H, Chai M, Chen F, Huang Y, Zhang M, He Q, Liu L, Yan M, Qin Y*. (2021) HBI1 acts downstream of ERECTA and SWR1 in regulating inflorescence architecture through the activation of the brassinosteroid and auxin signaling pathways. New Phytologist 229(1):414-428 (IF=10.2, 一区)
19. Zhao L, Liu L, Liu Y, Dou X, Cai H, Aslam M, Hou Z, Jin X, Li Y, Wang L, Zhao H, Wang X, Sicard A, Qin Y*. (2021) Characterization of germline development and identification of genes associated with germline specification in pineapple. Horticulture Research. 8(1):239. doi: 10.1038/s41438-021-00669-x. (IF=6.8, 一区)
20. Hou Z, Liu Y, Zhang M, Zhao L, Jin X, Liu L, Su Z, Cai H, Qin Y*. (2021) High-throughput single-cell transcriptomics reveals the female germline differentiation trajectory in Arabidopsis thaliana. Communications Biology. 4(1):1149. doi: 10.1038/s42003-021-02676-z. (IF=6.2, 一区)
21. Su Z, Wang N, Hou Z, Li B, Li D, Liu Y, Cai H, Qin Y*, Chen X*. (2020) Regulation of Female Germline Specification via Small RNA Mobility in Arabidopsis. Plant Cell, 32(9):2842-2854 , doi:10.1105/tpc.20.00126 (IF=9.6, 一区)
22. Zhao H, Guo M, Yan M, Cheng Y, Liu Y, She Z, Lai L, Shi C, Zhang M, Li Y, Lin D, Qin Y*. (2020) Comparative expression profiling reveals genes involved in megasporogenesis. Plant Physiology. 182: 2006-2024 (IF=6.9, 一区)
23. Liu L, Zhao L, Chen P, Cai H, Hou Z, Jin X, Aslam M, Chai M, Lai L, He Q, Liu Y, Huang X, Chen Hui, Chen Y, Qin Y*. (2020). ATP binding cassette transporters ABCG1 and ABCG16 affect reproductive development via auxin signalling in Arabidopsis. The Plant Journal. 102, 1172–1186. (IF=5.6, 一区)
24. Wang L, Li Y, Jin X, Liu L, Dai X, Liu Y, Zhao L, Zheng P, Wang X, Liu Y, Lin D, Qin Y*. (2020). Floral transcriptomes reveal gene networks in pineapple floral growth and fruit development. Communications Biology. 3:500 doi.org/10.1038/s42003-020-01235-2
25. Aslam M, Jakada B, Fakher B, Greaves J, Niu X, Su Z, Cheng Y, Cao S, Wang X*, Qin Y* (2020). Genome-wide study of pineapple (Ananas comosus L.) bHLH transcription factors indicates that cryptochrome-interacting bHLH2 (AcCIB2) participates in flowering time regulation and abiotic stress response. BMC Genomics. 22;21(1):735.
代表性第一作者论文
1. Qin Y, Zhao L, Skaggs M, Andreuzza S, Tsukamoto T, Panoli A, Wallace K, Smith S, Siddiqi I, Yang Z, Yadegari R* and Palanivelu R*. (2014) ACTIN-RELATED PROTEIN6 Regulates Female Meiosis By Modulating Meiotic Gene Expression in Arabidopsis. Plant Cell. 26:1612-1628. (IF=9.25)
2. Yuan Qin and Juan Dong*. (2015) Focusing on the focus: what else beyond the master switches for polar cell growth? Molecular Plant. 8: 582–594 (IF=6.6)
3. Qin Y, Leydon AR, Manziello A, Pandey R, Mount D, Denic S, Vasic B, Johnson MA and Palanivelu R*. (2009). Penetration of the stigma and style elicits a novel transcriptome in pollen tubes identifying genes critical for growth in a pistil. PLoS Genetics, 5 (8): e1000621.
4. Yuan Qin, Wysocki Jr RJ, Somogyi A, Feinstein Y, Franco JY, Tsukamoto T, Dunatunga D, Levy C, Smith S, Simpson R, Gang D, Johnson MA and Ravishankar Palanivelu*. (2011) Sulfinylated Azadecalins act as functional mimics of the pollen germination stimulant in Arabidopsis pistils. Plant Journal 68 (5) 800-815. (IF=6. 8)
5. Yuan Qin, Zhenbiao Yang*. (2011) Rapid tip growth: Insights from pollen tubes. Seminars in Cell and Developmental Biology 22(8):816-24. (IF= 6.2) 他引105
参编书籍：
1. 《植物生理与分子生物学》（第四版）第二篇，第八章 细胞极性; 第十章 植物内膜系统的发育及运输 菅新宇，秦源，杨贞标； 李晖，秦源，杨贞标。高等教育出版社，2012年6月印刷。ISBN 978-7-04-035155-2
2. 中国科学技术协会主编 《2012-2013植物生物学学科发展报告》 综合报告 四、植物生物学科发展趋势及展望 杨贞标 秦源。 中国科学技术出版社， 2014年4月印刷。ISBN 978-7-5046-6549-2/Q.181
3. 《Genetics and Genomics of Pineapple》, Chapter 2, Biology of the Pineapple Plant; Chapter 4, Genetic Diversity of Pineapple, Cheng Yan, Duane Bartholomew, Heming Zhao and Yuan Qin. Springer September, 2018. ISBN 978-3-030-00613-6
4. 正在作为主编编写《植物学》教材。
授权专利：
Qin Y., Palanivelu R., Wysocki R.Y., Somogyi A., and Feinstein Y. Pollen tube stimulants from Arabidopsis pistils. U.S. patent (美国专利：US2011/0111959 A1) was awarded to the Board of Regents, University of Arizona (on March 5, 2013).
秦源，蔡汉阳，张曼，赵丽华，王路路。快速观察拟南芥胚珠形态及统计外珠被细胞数目的方法。发明专利，专利号ZL201710139085.5,授权公告号CN106950088B，授权公布日 2019.06.04
秦源，周巧，尼罗莎，蔡汉阳，程瀚，魏雪，罗甜甜。菠萝转录因子AcWRKY28在植物抗盐上的应用。发明专利，专利号ZL202110036754.2,授权公告号CN112501185B，授权公布日 2022.12.23
张惠莹，殷炜铧，刘建，秦源，陆瑶，胡育川，董广辉，谢璇。一种促进微藻岩藻黄素积累和脂质合成的培养方法。 发明专利，专利号ZL202210244722.6，授权公告号 CN114561295B，授权公告日 2023.10.31
张惠莹, 殷炜铧, 刘建, 秦源, 陆瑶, 胡育川, 董广辉, 谢璇. 一种促进微藻岩藻黄素积累和脂质合成的培养方法, 授权公告日：2023-10-31, 中国, ZL202210244722.6
程焱，秦源，杨攀，熊俊杰，林志斌。一种大孢子母细胞外围细胞特异性诱导表达系统。发明专利，专利号CN202111071465.2，授权公告号CN114085864B，授权公告日2024.01.19。
程焱，秦源，林志斌，刘金典，熊俊杰，杨攀。一个大孢子母细胞特异诱导表达系统。发明专利，专利号 ZL202111178767.X，授权公告号CN113881696B，授权公告日 2024.10.22
王小媚，蔡昭艳，秦源，潘瑞立，苏伟强，陆宇明，郑平，程焱，白扬，董龙，王路路，胡泊，邱文武，黄丽萍，廖原，施平丽，方位宽，黄章保，任惠，刘业强，黄辉晔。一种百香果三线式架式兜网采收方法。发明专利，专利号 CN202210221604.3，授权公告号CN 114788482 B，授权公告日2024.01.26
王小媚，秦源，邓彪，郑平，王路路，苏伟强，张文斌，程焱，白扬，蔡昭艳，张丹，黄凤，卢翔宇，杜路淼。一种百香果网室母本保存结合露天选种的快速筛选杂交后代的方法。发明专利，专利号 ZL 2022 1 1580786.X，授权公告号CN 116076312 B，授权公告日2024.11.29
地方标准：
2020.7.5 广西壮族自治区地方标准（登记号202127651）——菠萝产期调控生产技术规程（排名第5）
2021.11.22广西壮族自治区地方标准（登记号202130458）——百香果无病毒健康种苗栽培技术规程（排名第3）
四、承担主要课题
申请人主持或参加科研项目（课题）及人才计划项目情况
1、福州市级科技计划项目，藻菌互作资源化处理养猪废水的新型生物学技术研发，2024.08.20-2026.08.19，30万元，主持
2、福建省科技计划高校产学研合作项目，2024N5004，水稻籼粳交创新育种制种技术集成研究，2024.05.01-2027.04.30，50万元，在研，主持
3、国家重点研发计划“合成生物学”重点专项项目子课题，植物人工染色体设计与构建——“生殖细胞定向分化”之生殖细胞定向分化等过程中细胞谱系及关键信号通路的可视化研究（2023YFA0913504），2023/12-2028/11，130.00万元，在研，主持。
4、科技创新2030——农业生物育种重大项目：资源高效利用新基因挖掘与育种价值评价，课题1氮高效利用新基因挖掘与育种价值评价（2023ZD04072）子课题，2023/12-2026/11，70.00万元，在研，主持。
5、国家自然科学基金面上项目，32270366，拟南芥大孢子母细胞优势表达基因MEG1调控大孢子母细胞特化机理研究，2023/1-2026/12，55.00万元，在研，主持。
6、横向项目-深圳市百果种业有限公司，KH230046A，百香果的品种研究和育种研发技术服务合作，2023/1-2027/1，75.00万元，在研，主持。
7、广西科技重大专项子课题，桂科AA22068096-3, 菠萝鲜食优良新品种选育与高效栽培技术示范应用，2022/4-2025/3，60.00万元，在研，主持。
8、国家自然科学基金面上项目，31970333，拟南芥MADS-box转录因子AGLs调控珠被和雌配子体协同发育，2020/1-2023/12，58.00万元，已结题，主持。
9、福建省教育厅，福建省本科高校教育教学改革研究项目“新农科背景下农林高校生物学基础课程体系的重构与实践”，FBJG20210078，2021/7-2023/7，9.00万元，已结题，主持。
10、国家自然科学基金委员会与英国皇家学会联合资助的中英人才项目牛顿高级学者基金，31761130074，染色质重塑复合物SWR1通过调节miR398表达调控胚珠发育研究，2017/3-2020/2，11万英镑+42万人民币，已结题，主持。
11、国家自然科学基金海峡联合基金重点项目，U1605212，菠萝雌配子体发育及演化研究，2017/1-2020/12，216万，已结题，主持。
12、国家自然科学优秀青年科学基金，31522009，植物雌性生殖系细胞的形成和分化，2016/1-2018/12，150万，已结题，主持。
13、福建省百人计划，660160050，植物生殖发育机理研究， 2017/1-2019/12，100万，已结题，主持。
14、福建省科技计划高校产学研合作项目，2019N5008，凤梨科植物高效繁殖技术研发和新品种创制及产业化，2019/7-2022/6，40万，已结题，主持。
15、福建省高校领军人才，660160130,植物雌配子体发育研究，2018/1-2020/12，70万，已结题，主持。
16、国家自然科学基金面上项目，31470284，拟南芥三个转录因子STF1/2/3介导体细胞调控雌配子体发育的分子机理，2015/1-2018/12，85万，已结题，主持。
17、福建省教育厅新世纪人才项目，JA14096，染色质重塑复合物SWR1调控花瓣发育的分子机理，2014/8-2016/7，5万，已结题，主持。
18、杂交水稻国家重点实验室（武汉大学）开放课题，KF201306，水稻柱头与花粉识别机理的蛋白质组学研究，2013/1-2013/12，5万，已结题，主持。
19、国家自然科学基金面上项目，31170290，拟南芥染色质重组复合物SWR1成员ARP6调控植物大孢子发生的分子机理及信号网络研究，2012/1-2015/12，65万，已结题，主持。
20、国家重大科学研究发展计划子课题，2011CB944600，植物减数分裂过程中染色体相互作用的分子机理，2011/1-2015/8，91万，已结题，主持。
21、国家重点基础研究发展计划子课题，2012CB944800，植物胚乳发育及储藏物质累积的分子调控机制研究，2012/1-2016/8，90万，已结题，主持。
22、中科院创新工程青年创新促进会项目，Y119Z61B11，雌配子体发育的基因网络，2011/1-2014/12，40万，已结题，主持。
五、教学情况
植物学，生命科学研究进展，植物发育生物学，生命科学研究前沿与方法
六、招生方向
生物学，生物育种， 生物技术与工程
七、联系方式
联系方式：yuanqin001@foxmail.com
