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张亮生


基因组与生物技术研究中心   发布时间: 2017-06-27   信息员:  

张亮生博士,男,1983年11月生,2015年6月引进我校工作,目前为海峡联合研究院教授、PI、博士生导师、金山学者青年拔尖人才,福建省高层次境外C类引进人才。近年来以第一作者或通讯作者在Plant Journal(通讯兼第一)、Molecular Plant(通讯)、Plant Physiology(通讯)、New Phytologist(通讯和第一各一篇)等国际著名期刊发表论文11篇,影响因子总和大于60 

工作经历:

2015/06-至今福建农林大学,基因组与生物技术中心,教授(特聘)/PI,博导

2013/02–2015/06 同济大学,转化医学研究院,生命科学与技术学院,副研究员

2012/07–2013/02, Pennsylvania State University, Department of Biology, Postdoctoral Scholar,

教育经历:

2009/07–2012/07,复旦大学生命科学学院,遗传学,理学博士, (导师:马红教授)

2007/07,清华大学生物信息学暑期学校

2006/08–2009/07,上海大学数学系,理学硕士

2002/09–2006/07,长江大学数学系,理学学士

研究方向:基因组,生物信息,分子进化,园艺植物分子生物学和基因组学

基因组学:包括从头组装基因组和比较基因组 Genomics, include De novo genome and comparative genomics

生物信息学:基因组和转录组数据分析  Bioinformatics, RNA-Seq and genome data analysis

分子进化:基因家族分析和基因功能分化  Molecular Evolution, Such as gene family evolution and functional divergence of duplicates

基因功能和性状基因挖掘  Large scale discovery important gene and trait genes

发表论文: *通讯作者,#第一作者

2016年

1)Han Y, Li X, Cheng L, Liu Y, Wang H, Ke D, Yuan H, Zhang L* and Wang L* Genome-Wide Analysis of Soybean JmjC Domain-Containing Proteins Suggests Evolutionary Conservation Following Whole-Genome Duplication.Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1800.(农大)

2)Zhang J, Tian Y, Yan L, Zhang G, Wang X, Zeng Y, Zhang J, Ma X, Tan Y, Long N, Wang Y, Ma Y, He Y, Xue Y, Hao S, Yang S, Wang W, Zhang L*, Dong Y*, Chen W*, Sheng J*. Genome of plant maca (Lepidium meyenii) illuminates genomic basis for high altitude adaptation in the central Andes.Molecular Plant.2016, 9(7):1066-77(IF:7.14)(农大)

3)Zhang L#*, Fei Chen#, GQ Zhang, YQ Zhang, ZG Lin, ZM Cheng*, ZJ Liu*. Origin and mechanism of crassulacean acid metabolism in orchids as implied by comparative transcriptomics and genomics of the carbon fixation pathway. Plant Journal.2016, 86(2):175-85.(IF:5.96)(农大)

4)Deng H#, Zhang L#, Zhang G, Zheng B, Liu Z, Wang Y, Evolutionary history of PEPC genes in green plants: Implications for the evolution of CAM in orchids, Molecular Phylogenetics and Evolution. 2016, 94(Pt B):559-64 (IF=3.91).

5)Zhang GQ, …….Zhang L†, ……., Liu ZJ. The Dendrobium catenatum Lindl. genome sequence provides insights into polysaccharide synthase, floral development and adaptive evolution.Scientific Reports. 2016, 12;6:19029. (IF=5.58).(农大)

6)Zhong Z, Norvienyeku J, Chen M, Bao J, Lin L, Chen L, Lin Y, Wu X, Cai Z, Zhang Q, Lin X, Hong Y, Huang J, Xu L, Zhang H, Chen L, Tang W, Zheng H, Chen X, Wang Y, Lian B, Zhang L, Tang H, Lu G, Ebbole DJ, Wang B, Wang Z. Directional Selection from Host Plants Is a Major Force Driving Host Specificity in Magnaporthe Species.Scientific Reports. 2016, 6;6:25591(IF=5.58).(农大)

2015年

7)Tang H, Bomhoff MD, Briones E, Zhang L, Schnable JC, Lyons E5. SynFind: Compiling Syntenic Regions across Any Set of Genomes on Demand. Genome Biology and Evolution.2015, 7(12):3286–3298. (IF=4.23). (农大)

8) Niu B, Wang L, Zhang L, Ren D, Ren R, Copenhaver GP, Ma H, Wang Y. Arabidopsis Cell Division Cycle 20.1 Is Required for Normal Meiotic Spindle Assembly and Chromosome Segregation. Plant Cell. 2015, 27(12):3367-82. (IF=9.34). (农大)

9)Qian S, Wang Y, Ma H*, Zhang L*. Expansion and functional divergence of JmjC-containing histone demethylases: significance of duplications in ancestral angiosperms and vertebrates. Plant Physiology2015,168: 1321-1337(5 IF:8.04)

10)Li Q, Zhang N, Zhang L*, Ma H*: Differential evolution of members of the rhomboid gene family with conservative and divergent patterns. New Phytologist2015, 206: 368-380 (IF=7.67).

11)Zhang L, Wang L, Cui J, Cheng F, Wang YX, Ma H: Analysis of Arabidopsis floral transcriptome: detection of new florally expressed genes and expansion of Brassicaceae-specific gene families. Frontiers in Plant Science,2015, 5: 802, (IF=4.45).

2012年~2014年

12)Zhang L, Ma H: Complex evolutionary history and diverse domain organization of SET domain proteins suggestion divergent regulatory interactions. New Phytologist 2012, 195:248-263. (IF=7.67)

13)Zhang L, Zhang Z, Weng Z, Shi W: Substitution Rates of the Internal Genes in the Novel Avian H7N9 Influenza Virus. Clinical Infectious Diseases,2013, 57(8):1213-1215, . (IF:8.89)

14)Zhang L*, Zhang Z, Weng Z: Rapid Reassortment of Internal Genes in Avian Influenza A(H7N9) Virus. Clinical Infectious Diseases, 2013, 57(7):1059-1061.(IF:8.89,引用>18次)

15)Lei L, Zhou S, Ma H*, Zhang L*: Expansion and Diversification of SET Domain Gene Family following Whole-Genome Duplications in Populus. BMC Evolutionary Biology2012, 12:51. (IF=3.41)

16)Dong X, Wang X, Zhang L, Yang Z, Xin X, Wu S, Sun C, Liu J, Yang J, Luo X: Identification and characterization of OsEBS, a gene involved in enhanced plant biomass and spikelet number in rice. Plant Biotechnology Journal 2013, 11(9):1044-1057.  (IF:5.75)

研究成果

主要从事植物基因组和生物信息学的研究。研究材料不只是局限于模式植物拟南芥,还拓展到园艺植物,如蝴蝶兰,石斛和睡莲等植物,已经有多篇研究工作发表。在植物包括花卉比较基因组学和生物信息学方面取得了优异的研究成果。

1)完成兰科CAM途径调控的分子机制和起源研究

申请人目前对于CAM的相关研究已取得一些前期研究成果,论文发表在The Plant Journal (第一并通讯),Molecular Phylogenetics and Evolution,Scientific Reports。

2)植物基因组与花发育转录组及基因家族进化研究

参与了Maca和石斛基因组研究工作,花发育相关基因家族和转录组研究等。相关论文发表在Molecular Plant,Scientific Reports,New Phytologist(共同通讯)和Frontiers in Plant Science上(一作)。

3)植物表观遗传相关基因家族进化研究对一些在植物发育和进化过程中重要的基因家族进行了深入研究,不仅澄清了这些基因家族的进化历史,而且揭示了重复基因对不同的基因及基因家族或亚家族截然不同的贡献。结果发表在New Phytologist(第一),Plant Physiology(最后通讯)和BMC Evolutionary Biology(最后通讯)上。

4)睡莲基因组研究园艺植物基因组被测序的并不多,只有梅花等基因组被测序。本人主持完成了睡莲基因组测序工作。使用单分子测序技(PacBio>110X)完成了睡莲基因组(409M)测序工作,Contig N50 达到2.1M,45条序列长度就能覆盖基因组一半,初步组装和注释结果良好。


 
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