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张亮生课题组参与Maca基因组研究工作


  发布时间: 2016-05-26   信息员:  


MacaLepidium meyenii)起源秘鲁的安第斯山脉,现在在云南可以广泛的种植,其属于十字花科。十字花科主要有两大支,Linage I Linage II,其中拟南芥属于Linage I Maca也属于Linage I,而白菜和油菜属于Linage II,如下:



Maca基因组测序质量不错,Contig N5081.8kscaffold N502.4MMaca相对拟南芥是八倍体,与拟南芥分化之后发生了两次基因组加倍。物种的适应性一般通过基因加倍或表达变化来调控。对于Maca来说由于近期有两次基因组加倍,因此大量有多余的拷贝可以演化新功能,或者功能冗余,这样为其在遗传物质上提供了很多多样性,如很多转录因子相对拟南芥中的一个拷贝,而在Maca里是4个拷贝。比如控制叶子的测叶分支形成的RCO基因在Maca里有8个,而在拟南芥中是0个,琴叶拟南芥有1个拷贝。

除了基因增加,Maca似乎还可以通过基因丢失来改变表型,如自交不亲位点上的基因都丢失了,包括与春化相关的FRI基因在4个基因组位置都丢失了。Maca是八倍体,是第一个被测序的八倍体,是一个非常好的材料研究重复基因的功能冗余和分化。

张亮生课题组参与了基因组加倍,基因家家族和物种树等分析,是共同通讯之一。是与昆明理工大学的董扬教授一起合作完成的。第一作者是华中科技大学的张静同学,2011级本科生。

文章链接:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1674205216300533


 
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